Terminée vers 1688, l'église fut décorée par les meilleurs artistes de l’époque, dont Vaclav Vavrinec Reiner (fresque du Jugement dernier sur le plafond) ou Matej Vaclav Jackel (statues). L'église abrite un orgue précieux datant de 1702, deuxième plus ancien orgue de Prague, qui a été utilisé par W. A. Mozart, A. Dvorak et d’autres grands musiciens encore.
Vous pourrez écouter le son de ce précieux orgue baroque lors de concerts classiques et d'orgue qui se tiennent régulièrement à l'église Saint-François d'Assise. Sous forme de programmes durant une heure, vous pouvez entendre des compositions de maîtres du baroque et du classicisme ainsi que de compositeurs tchèques.
Le riche son de l'orgue est combiné avec des instruments solos ou vocaux, de sorte que l'auditeur est toujours surpris par de nouvelles couleurs et variations sonores. Généralement, trois artistes se présentent aux concerts, solistes issus de nos éminents ensembles d'opéra et orchestres, professeurs de l'Académie de Musique de Prague et Conservatoire de Prague.