Les luthériens allemands ont construit cette église après de vaines tentatives pour acquérir une des églises déjà existantes de la Vieille ville pour leurs propres cultes. Mais seulement six ans après son achèvement, en 1620, lorsque la catholicisation violente a eu lieu dans les terres tchèques, les luthériens ont été expulsés du pays et l'église a été remise à l'ordre catholique des Pauliens.
De nos jours, l'église Saint-Salvator est protestante à nouveau, et son intérieur pur et noble est, pour son excellente acoustique, parmi des lieux préférés surtout pour des concerts de musique sacrée et classique.