Insoupçonnable et sobre de l'extérieur, la Cathédrale Saint-Clément abrite un intérieur richement décoré. L'ordre des Jésuites a pu s’offrir les meilleurs artistes peintres et sculpteurs de l’époque tels les peintres Jan Hiebel, Ignac Raab, Josef Kramolin et Petr Brandl, et le plus célèbre sculpteur baroque tchèque, Matyas Bernard Braun, qui ont réussi à créer un vrai « Gesamtkunstwerk » (œuvre d'art totale) de l'art baroque.
L'iconostase a été ajoutée par l'Église grecque orthodoxe, qui gère maintenant la cathédrale. Réputée pour son excellente acoustique, la cathédrale Saint-Clément sert souvent de salle de concert pour des concerts de chambre et d'orgue.